在合格评定的过程中，如果对信息源中所有信息都进行逐一收集是不实际或不经济的，则需要进行抽样。例如受评定的对象太庞大且过程太重复，地域分布太分散，以至于无法(或没有必要)在有限的资源条件下和时限内逐一完成对每个项目或组成部分的证据进行收集和检查，此时为了对总体形成结论，就要对海量样本进行抽样，就是在全部数据中选择小部分数量的项目以获取评价某些特性的证据。
合格评定抽样的目的是获取足够的信息，以实现合格评定目标。合格评定抽样的风险是从总体中抽取的样本也许不具有代表性，从而可能导致评定的结论出现偏差，与对总体进行全面评定的结果不一致。其他风险可能源于抽样总体内部的变异和所选择的抽样方案和方法不科学。
典型的审核抽样包括以下步骤：
——明确抽样方案的目标；
——选择抽样总体的范围和组成；
——选择抽样方法；
——确定样本量；
——进行抽样活动；
——收集、评价和报告结果并形成文件。
抽样时，应考虑可用数据的质量，因为抽样数量不足或数据不准确，将不能提供有用的结果。应根据抽样方法和所要求的数据类型，选择适当的样本。对样本的报告应考虑样本量、选择的方法以及基于这些样本和一定置信水平做出的估计。
常用的抽样方法是条件抽样法和统计抽样法。
(一)条件抽样法
条件抽样依赖于合格评定组织相关人员的知识、技能和经验。
对于条件抽样可以考虑以下方面：
——-在合格评定范围内以前的经验和教训；
——实现合格评定目标要求的复杂性(包括法律法规)要求；
——受评定的产品、服务、过程和管理体系的复杂性及其相互作用；
——技术、人员因素或管理体系的变化程度；
——以前识别的关键风险，领域和改进的领域；
——产品、服务、过程和管理体系监视的结果。
抽样的缺点是可能发现不了未被抽到的样本中存在的典型或重大问题或符合性的证据，这样带来的风险(不确定性)就会造成不能全面、正确地对总体进行评估。无法评定发现和评定结论的不确定性，就无法进行统计估计。
(二)统计抽样法
使用统计抽样的抽样方案应基于合格评定目标和抽样总体的特征。
(1)统计抽样设计使用一种基于概率论的样本选择过程。当每个样本只有两种可能的结果时(例如正确或错误，通过或不通过)使用计数抽样。当样本结果是连续值时使用计量抽样。
(2)抽样方案应考虑检查的结果是计数的还是计量的。例如，当要评价完成的表格与程序规定的要求符合性时，可以使用计数抽样；当调查食品安全事件或安全漏洞的数量时，计量抽样可能更加合适。
(3)影响合格评定抽样方案的关键因素有：①接受合格评定对象的规模；②具备能力的评定人员的数量；③一年中合格评定的频次；④单次合格评定所需时间；⑤外部所要求的置信水平。
(4)当制订统计抽样方案时，评定人员能够接受的抽样风险水平是一个重要的考虑因素，这通常称为可接受的置信水平。例如5%的抽样风险对应95%的置信水平，5%的抽样风险意味着合格评定能够接受检查的100个样本中有5个(或20个中有1个)不能反映真实情况，该真值通过检查总体样本得出。
(5)用统计抽样时，评定人员应适当描述评定工作(包括检测、检查、评审、审核)情况，并形成文件。这包括对抽样总体的描述，用于评价的抽样准则(例如什么是可接受的样本),使用的统计参数和方法，评价的样本数量以及获得的结果。